組織系統
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    本院設置董事會、院長室、九個研究所、台灣氣候變遷研究中心、電力與能源研究中心、產業低碳數位轉型中心、淨零產業發展研究中心、景氣預測中心、大數據研究中心、財經諮詢委員會、行政處及圖書資訊室等，其職掌如下：
    (一) 董事會掌理本院大政方針之規劃與決定、本院組織之編制與管理、本院部門主管之遴選與任免、本院資金之籌集運用與管理等事宜。董事長綜理事務，對外代表本院。
    (二) 院長室承董事會暨董事長之委任，掌理本院業務之企劃、考核、機要、協調、公共關係、國際事務，以及配合研究業務拓展需要設置各項定期性專案辦公室等事宜。
    (三) 九個研究所分別從事經濟、社會、產業、運輸、文化、科技、能源、環境、財政、金融、勞動、中小企業和國際關係等公共政策綜合研究事宜。
    (四) 台灣氣候變遷研究中心掌理氣候減緩、調適、永續發展及產業淨零轉型之技術、策略等研究事宜。
    (五) 電力與能源研究中心掌理電力技術、電力經濟、電力市場、再生能源、電網與儲能等電力與能源跨領域之研究。
    (六) 產業低碳數位轉型中心掌理產業低碳數位雙轉型之政策與策略規劃，推動因應國內外碳管制趨勢下淨零產業數據化、計價化、資產化、效益化之市場機制。
    (七) 淨零產業發展研究中心掌理淨零碳排、減碳策略、負碳技術等產業淨零轉型之研究。
    (八) 景氣預測中心負責本院經濟預測模型，定期對外發布國內外經濟展望之見解與預測。
    (九)大數據研究中心負責優化本院相關數據分析之評估與共享，建構人工智慧(AI)應用於能源、經濟與環境等跨領域之研究。
    (十) 財經諮詢委員會係結合產官學研各界菁英設置「財經論壇」，定期針對國內外財務金融、產經情勢等即時性且重要之議題，舉辦公開研討會與演講會。
    (十一) 行政處掌理人事、會計、總務、文書與資訊等事宜。
    (十二) 圖書資訊室掌理圖書資料採購、建置與資訊管理等事宜。
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    研究一所
    研究一所從事國家電力管理及電業經營政策等研究，著重於電力供需、能源價格、電業永續發展政策、電業相關法規、電業經營效益評估、電價模擬分析、電業組織變革、經營管理、營運模式、經營績效評估等研究議題，進行客觀研究分析與提出具體可行方案。
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    研究二所
    研究二所從事油氣、新材料產業經濟與能源管理等綜合研究，著重於能源產業發展、石油供應安全及其應變機制、油氣市場管理等領域。包括：著重於石油產業政策與競爭策略、能源領域之國際經貿競合、能源供需與價格預測、石油煉製與石化產業發展規劃等議題。
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    研究三所
    研究三所推動產業低碳與淨零轉型，致力於製造部門淨零排放技術與策略研究。著重探討碳定價市場(碳費/稅、總量管制)及淨零前瞻關鍵技術(氫能與負碳技術)議題，並建立總體及個體經濟評估模型，以支持決策之制定。更透過關鍵業者建立有效的溝通平台，促進產官學研的合作，共同推動產業淨零轉型的相關措施。透過多方協作及資源整合，期望推動製造部門之永續發展，為實現碳中和目標作出積極且具體之貢獻。
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    研究四所
    研究四所從事能源政策、能源統計研究，負責總體能源政策規劃、能源法規制度研析、政策環境影響評估、性別主流化業務推動、能源政策溝通宣導、能源供需資料蒐集與刊物編製、溫室氣體排放統計、部門能源消費調查、能源流程圖編製、能源統計法規與制度檢討、能源指標分析等議題。
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    研究五所
    研究五所致力於電力工程、高壓用電設備研究，設立「用戶用電裝置諮詢服務專案辦公室」，協助政府修訂電力工程技術規範，提供諮詢服務。深耕電力交易、再生能源、電業管理、電力資源整合等電力領域研究。透過長期與國際電業、能源顧問公司交流合作，引進最新電力技術。協助政府建立電力交易平台，健全電力市場，達成我國能源轉型、電業自由化與能源供應多元化之目標。擘劃未來電力負載需求預測、電力技術經濟分析、碳中和以及電力技術發展路徑，並提供儲能等新能源投資諮詢服務。
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    研究六所
    研究六所從事偏鄉油氣政策、液化石油氣產業經濟等綜合研究，著重於偏鄉油源供應穩定、偏鄉民眾能源消費權益保護、液化石油氣市場交易秩序管理等領域。包括：偏鄉油氣市場供需、偏鄉地區群體用油權益政策、液化石油氣事業經營管理等議題。
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    研究七所
    研究七所從事國內外淨零轉型、溫室氣體減量法制規範及推動策略相關研究，著重國際氣候公約與氣候變遷減緩策略分析、國內外碳管制機制執行進展及淨零轉型路徑、策略與配套規劃等研究，並協助政府進行產業減碳輔導交流、運作淨零推動相關跨單位整合平台，以及對外溝通強化等事宜。
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    研究八所
    研究八所推動我國再生能源發展，達成2050 淨零排放目標。設立「再生能源發電設備認定及查核作業計畫辦公室」，協助執行與輔導地方政府辦理再生能源發電設備認定及查核等事宜，並提供設置者相關諮詢服務。協助政府修訂「再生能源發展條例」相關子法，進行再生能源設置情形之統計及分析。設立「再生能源義務用戶輔導專案辦公室」，輔導企業履行再生能源義務，協助企業善盡社會責任及建立使用綠電典範，提升產業競爭力，辦理再生能源義務用戶線上申報及相關諮詢服務。
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    研究九所
    研究九所積極推動我國淨零轉型與綠色成長，致力於氣候變遷減緩、調適、永續發展及經濟分析等相關研究，著重溫室氣體減量目標路徑與策略措施、城市氣候變遷調適策略、氣候基金管理及運用、公正轉型及公民參與機制、供應鏈人權管理、國際交流合作(包括UNFCCC、GCF、CTCN、CDP、ICLEI)等議題。協助政府規劃及推動相關公共政策與措施(包括法規、指引、行動計畫)，建立及運作相關資訊平台系統，整合及執行跨域多元社會對話，並提供企業有關產業分析及公共政策諮詢服務。